La estructura organizacional del Centro de Estudios del Mar y Acuicultura, esta definida en el Reglamento General de Centros Universitarios, siendo los órganos administrativo-docentes: El Consejo Directivo, la Dirección y la Coordinación Académica.
El Consejo Directivo es el organismo administrativo-docente que coordina a nivel local todas las actividades del Centro y le corresponde dictar los lineamientos, reglamentos y normas para la Dirección y Administración.
La Dirección esta a cargo de un Director, quien es el encargado de ejecutar las decisiones del Consejo Directivo y del Consejo Superior Universitario, vela por el buen cumplimiento de las actividades académicas y administrativas del Centro e informa periódicamente al Consejo Directivo de la marcha de las labores del Centro.
La Coordinación Académica esta bajo la responsabilidad de un Coordinador Académico, es integrada por los Coordinadores de Carrera, Área y el Coordinador Académico, su función es; planificar, coordinar e impulsar las actividades de docencia, investigación, extensión y servicio del CEMA, elaborar y proponer los reglamentos relativos a asuntos académicos o docentes y promueve la constante superación científica y pedagógica de los profesores.
La Coordinación de Carrera, esta bajo la responsabilidad de un Coordinador de Carrera, siendo sus atribuciones: Organizar, coordinar y supervisar la docencia, coordinar y revisar los programas correspondientes de las carreras y proponer al Coordinador Académico los cambios que estimen necesarios.